La plupart des termes propres au Bene Gesserit proviennent soit de l'Hébreux (Kwisatz Haderach), soit de l'Arabe (Gom Jabbar), soit du Latin.
Il existe donc deux pistes pour expliquer l'origine du terme « Bene Gesserit », la première étant qu'il s'agisse d'un terme d'origine sémitique. En Hébreux, « Bene » (Beni en Arabe) signifie « fils de » (comme dans Bene Israël – Fils d'Israël) et « Gesher » (Gesseri en Arabe) signifie « Pont ». Cette théorie apparaît comme plausible, le Bene Gesserit étant effectivement une sorte de pont entre les générations, dans l'attente du Kwisatz Haderach.
Aussi séduisante que cette thèse puisse apparaître, ce n'est cependant pas la bonne. Il faut chercher du côté du Latin pour trouver la véritable signification du terme. « Bene » signifie « Bien » et « Gesserit » est dérivé du verbe irrégulier « gero - gere, gessi, gessus » dont l'une des significations est « Faire ». « Bene Gesserit » signifierait ainsi « Celui/Celle qui se conduit bien », « Celui/Celle qui fait le bien ». Frank Herbert avait confié au Dr. Willis McNelly (l'auteur de The Dune Encyclopedia) qu'il avait voulu lui donner la signification de « Laissez ceci être bien fait ». Il avait également remarqué que, prononcé avec un « j » doux comme dans « justice », « Gesserit » se rapprochait du mot « Jésuite ». Il assure cependant que cette coïncidence est un accident fortuit tout en admettant que les Soeurs du Bene Gesserit peuvent être considérées comme des Jésuites au féminin.