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Le Bene Gesserit trouve son origine dans les périodes troubles ayant suivi le Jihad Butlérien. Profitant des errements religieux post-butlériens, l'Ordre assura et consolida son emprise sur les sorcières. A cette époque, les Sœurs exploraient le domaine des narcotiques et développaient l'entraînement Prana-Bindu ; c'est également durant cette période que furent posés les fondements de l'ordre : compilation du Livre d'Azhar, création de la Litanie contre la Peur, instauration de la Missionara Protectiva. Le Bene Gesserit apparaissait alors, aux côtés de la Guilde et du Landsraad, comme garant d'une stabilité toute relative et déjà, l'Imperium naissant reconnaissait leur pouvoir ; pouvoir conféré par des talents aussi inquiétants que la Voix ou les formidables aptitudes des Sœurs au combat, aptitudes dues au contrôle précis qu'elle exerçaient sur chaque parcelle de leur être.
Durant les siècles qui suivirent, l'Ordre oeuvra dans l'ombre, sous le couvert d'une école semi-mystique, à la réalisation de son but ultime : l'apparition du Kwisatz Haderach ; être supérieur, sorte de Révérende Mère mâle, dont les pouvoirs dépasseraient les capacités de ces dernières et permettraient au Bene Gesserit d'accéder aux sphères mentales les plus élevées que même les Révérendes Mères les plus expérimentées se refusaient à explorer. Pour atteindre ce but, l'Ordre suivait scrupuleusement un programme de sélection génétique plusieurs fois millénaires. Le fait de pouvoir suivre avec une telle rigueur un programme si exigeant laisse entrevoir le formidable pouvoir dont disposait l'Ordre au sein de l'Imperium. Jamais pourtant il n'utilisa ouvertement ce pouvoir, se contentant d'agir dans l'ombre des puissants ; le Bene Gesserit était présent dans toutes les couches de la société, y compris les plus hautes sphères où toute sa discrète influence s'exerçait.
Au bout de quatre vingt dix générations de méticuleuse surveillance, le programme touchait à son but. L'apparition de l'être ultime, instrument de pouvoir entre les mains des Sœurs, n'était plus éloignée que de deux générations. L'union entre le Duc Leto Atréides et sa concubine, Dame Jessica devait produire une fille, future mère du Kwisatz Haderach. L'amour, passion tant redoutée par les Sœurs, s'immisça alors dans le programme : Jessica, par amour pour son Duc, lui donna non pas une fille mais un fils. Cette action individuelle devait se révéler catastrophique pour l'Ordre. Le Kwisatz Haderach n'apparut pas seulement une génération trop tôt mais pire encore, il échappa au contrôle du Bene Gesserit. « Vous pensez que je suis le Kwisatz Haderach. Mais ôtez cette idée de votre esprit. Je suis quelque chose d'inattendu. » déclara Paul Atréides à sa mère dans le désert d'Arrakis.
L'avènement de Paul Muad'Dib marqua le début d'une longue période de doute et de stagnation au sein de l'Ordre car le pire était encore à venir. Malgré la défaillance de leur programme, les Sœurs gardaient encore l'espoir de rétablir leur ascendant et de réparer leurs erreurs. L'ascension de Leto II, fils de Paul, mit définitivement un terme à leurs espoirs. Durant les 3500 ans de son règne, les Sœurs durent lutter pour leur survie, bien qu'il apparaisse que Leto II n'ait pas eu l'intention de s'en débarrasser. Ce n'est qu'à la mort de l'Empereur-Dieu et la période de troubles qui s'ensuivit que le Bene Gesserit retrouva sa puissance et rétablit son influence. Comme aux premiers temps de l'Ordre, celui-ci apparaissait à nouveau comme l'une des seules sources de stabilité au milieu d'un Empire en décomposition. Les Sœurs avaient retenu la leçon infligée et jamais plus ne se risquèrent à produire un Kwisatz Haderach, se contentant de programmes génétiques à moindre échelle n'ayant pour but que d'exacerber certains traits d'une lignée.
La Communauté des Sœurs se figea durant les siècles qui suivirent dans un attentisme dangereux. Le retour des Egarés de la Grande Dispersion et avec eux l'arrivée des Honorées Matriarches, ordre déviant probablement fondé par des Sœurs corrompues, constitua un véritable électrochoc pour le Bene Gesserit. Jamais l'Ordre ne passa si près de l'extinction et ce n'est qu'au prix de profonds changements et sacrifices qu'il gagna le droit à la survie. Les Honorées Matriarches furent peu à peu absorbées au sein de la Communauté, ouvrant ainsi une nouvelle ère pour l'Ordre.